What should one do when they find brownish spots in organic or cage free eggs?

The color brown is never a problem with eggs.

Sources:

ראה פס״ד להצ״צ סי׳ סו. שו״ת טוטו״ד ג, רסג. דברי מלכיאל ב, לט. דע״ת על אתר. דרכ״ת שם כב וכד. וראה קובץ מורי׳ מנ״א תשמ״ט ע׳ פה – מד״ע.