According to the Alter Rebbe (53:6), is a Baal Teshuva disqualified from being a Shliach Tzibbur lechatchila?

As a general rule, he may serve.

Sources:

גם להדעות שבכל השנה אין ממנין. וגם בדרך ארעי, וגם בידוע בודאי שעשה תשובה, שבכל הנ״ל הרבה חולקים, בתינוקות שנשבו יש להקל לכתחילה – ראה הנסמן בשיח שמואל דיני שליח ציבור טולידאנו ע׳ עא. בשליח ציבור השלם ע׳ ט בהערות