If I make a batch of Challah dough and make a Bracha, must I bake all of the dough at the same time?

You don’t have to (though some are particular about this).

Sources:

ראה יו”ד סימן שכ”ו סעיף ב בפת”ש סק”ב, אף שהביא חולקים, אבל ראה שם מה שהביא בשם מעדני מלך. ולמעשה, בשו״ת הצ״צ יו״ד רלה פסק כבפנים.