If I work for an organization that gets donations of Tzedakah, can my boss force me to pay them my Ma’aser?

Depends on the arrangement the employer has with the employee in advance. Either way, this cannot be considered actual Ma’aser.

Sources:

יש לדון משום לא תעשוק או לא תחמוד. אבל אם הסכימו – כל תנאי שבממון קיים. וכיון שמלכתחילה לא זכה או שהוא ע״מ להחזיר אינו בגדר מעשר. ובסגנון אחר, שנמצא פורע חובו מכספי מעשר. וראה באורח צדקה פרק יא הערה קטו בשם הגרשז״א והגריש״א.